本产品用于动物组织裂解以获取完整的细胞核。所获得的细胞核可以用于后续ATAC或者CUT&Tag实验。
一、 操作步骤
2.1 溶液配置(以下配置的体积为单个样本反应的用量,若有多个样本同时实验,需根据样本量修改配置体积,本试剂配置量已考虑了试剂损耗,多样本配置无需额外计算损耗)
1)取出4 x NIB、NPB-A、10mM PMSF(自备)、1M DTT(自备)、100x蛋白酶抑制剂(自备)于冰上放置;
2)1 x NIB : 2.25 mL /样本,750 μL 4 x NIB +6 μL 10 mM PMSF+3 μL 1M DTT+30 μL100x蛋白酶抑制剂,加入2211 μL ddH2O,混匀(推荐现配现用)。
3)NPB-B : 500 μL /样本,230 μL 1 x NIB + 345 μL NPB-A,混匀(推荐现配现用)。
4)消化液:1mL Hank's 平衡盐溶液(HBSS)+5* μL 胶原酶(100mg/mL)
【注】: 1、以上buffer建议现配现用,请根据实际样本数量现配现用,配制的buffer冰上放置。
2、PMSF、DTT浓度如和说明书中的浓度不一致,配制1xNIB时保证终浓度一致,更改H2O的体积即可。
3、* 不同组织用的胶原酶种类和胶原酶浓度会存在差异,可根据实际的组织更换胶原酶种类及使用浓度。
2.2组织消化 (选做)
【注】:该步骤只针对研磨工具使用匀浆器,并且难磨的组织 (如肌肉)可以使用胶原酶进行消化;其他组织可直接进行2.3步骤组织裂解。
实验开始前,请将离心机4℃预冷,实验全程在冰上操作。
1、将新鲜或者冻存组织放在冰上解冻,用PBS清洗干净。
2、将清洗干净的组织在Hank's 平衡盐溶液(HBSS)中剪碎至1-2 mm,放置含有1 mL 消化液的离心管中,37℃ 孵育10 min。
3、立即将消化后的组织放置干净的Hank's 平衡盐溶液(HBSS)清洗1-2遍,然后进行组织裂解。
2.3 组织裂解
【注】:匀浆器或液氮研磨步骤选其一即可。
1)选用匀浆器:在预冷的组织匀浆器中先加入1.5 mL 1 x NIB,再加入新鲜或冻存动物组织(15 mg左右)或消化后的组织,冻存组织需冰上解冻5min;匀浆,Loose 10次,Tight 10次。
【注】:不同匀浆器及不同组织匀浆次数会稍有差异,需根据实际的组织及匀浆器确定研磨次数。
2)选用液氮研磨:将新鲜或冻存的组织取绿豆粒大小(40 mg 左右)放入装有液氮的研钵中,进行研磨至粉末状,然后放置装有1.5 mL 1 x NIB 溶液的管子中,轻柔震荡混匀或上下颠倒混匀。
【注】组织投入量可根据样本类型核经验调整。研磨过程尽量快速,避免液氮完全挥发完导致样本冻融或降解。
3)将上述步骤中的匀浆液通过70 μm细胞筛去除碎片,悬液转移至新的1.5ml离心管中。
4)2000 g,4℃离心5 min。
5)小心去除上清,加入500 μL1 x NIB进行重悬。
6)取500 μL NPB-A至新的2.0 mL 离心管中,再吸取500 μL NPB-B沿着管壁缓慢加入至NPB-A的上层,接着再将步骤5中的500 μL 悬液沿着管壁缓慢加入NPB-B的上层,此时溶液分为三层。
7)500 g,4℃离心10 min。
8)上层溶液与NPB-B之间的白色核带即为细胞核层(如右图所示),用200 μL 移液枪取白色核带至新的离心管中,加入1mL 1 x PBS溶液,轻轻吹打混匀,该溶液即为细胞核悬液。
【注】:吸取白色核带层,切勿吸取到杂质。
9)取10 μL 细胞核悬液进行荧光及台盼蓝染色,用于细胞核计数及显微镜观察。
10)立即进行后续实验。
- 细胞器残留比例更少
- 细胞核更纯净
2~8℃保存。
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