考马斯亮蓝（Coomassie brilliant blue）是两种相似三苯甲烷染料的总称，有G250和R250两种，结构上前者比后者多了2个甲基，命名上“G”为Green的缩写，因G250的蓝色染料泛浅绿色；命名上“R”为Red的缩写，因R250的蓝色染料呈微红色调；“250”表示考马斯亮蓝的纯度。生化实验中常将考马斯亮蓝用于蛋白定量和蛋白电泳中蛋白染色。工作原理是：通过与蛋白质内的氨基和羧基基团间的静电结合作用以及范德华力，考马斯亮蓝与蛋白质形成强但非共价键连接的复合物。蛋白-染料复合物的形成稳定染料携带的负电荷阴离子（如磺酸基），从而产生在膜上或者胶上肉眼可见的蓝色。

考马斯亮蓝R250（Coomassie brilliant blue R250）更多用于电泳蛋白的染色，染色灵敏度比氨基黑高5倍，可达0.1 µg蛋白。R250染色后需要褪色，才能进行蛋白条带的观察。

考马斯亮蓝G250的检测灵敏度虽然较低，但也可替代R250，使用一种快速而简单的方法进行蛋白染色。因其具有以下特性，即在低于pH 2.0时，溶液无色；pH 7.0时溶液呈深蓝黑色；若发生酸化，溶液呈现透明的棕褐色。当G250与蛋白结合，溶液又回到蓝色，主要因为蛋白分子周围具有更偏中性的pH环境。合适条件下，当把胶放在酸化的G250溶液中染色，显示出蓝色的蛋白条带，背景呈浅琥珀色。此种方法条带快速显色，且背景颜色也很浅使得条带看起来很清楚，则不需要做褪色处理。大部分蛋白用G250检测的下限是0.5 µg。虽然灵敏度降低，取而代之的是操作快速以及方便，比R250染色节省高达11 h。

室温运输和保存即可。