Bsu DNA polymerase (Large fragment)来源于枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis),该酶保留了Bsu DNA polymeras I的5’-3’聚合酶活性,但缺失了5’-3’核酸外切酶结构域,该大片段自身缺失3’-5’核酸外切酶活性,是具有链置换活性的DNA恒温扩增聚合酶,主要应用于RPA重组酶聚合酶扩增技术。
1、由于缺乏3’-5’核酸外切酶活性,Bsu DNA polymerase (Large fragment)不能切除3’未配对的突出末端,因而不适用于生成平齐末端。
2、25℃时Bsu DNA polymerase (Large fragment)保留50%的活性,是同温度下Klenow片段(3’-5’exo-)的两倍。
3、酶保存液成分:25 mM Tris-HCl , 50 mM NaCl , 1 mM DTT , 0.1 mM EDTA , 50 % Glycerol ,pH 7.4@25℃。
4、热失活条件:75℃,20 min。
-25~-15℃保存,有效期2年。
Q: PCR的Taqman探针适用于RPA系统吗?
A: 不适用。Taqman探针需要在Taq DNA聚合酶的5’到3’外切活性下发挥功能
Q: RPA扩增技术有哪些检测形式?
A: 1. 电泳检测:在RPA的基础上,用凝胶电泳的技术进行终产物检测;
- 探针法检测:1)EXO探针法【RPA+核酸外切酶III(exonuclease III、即exo)+exo荧光探针】2)Fpg探针法【RPA+甲酰胺嘧啶-DNA糖基化酶(fgp)+fpg荧光探针】
- 侧流层析试纸条(LF-RPA):RPA+核酸外切酶IV(endonuclease IV,即nfo)+nfo探针+带有生物素或者地高辛等标记物的反向引物(肉眼即可观察扩增产物在侧流试纸条上的检测结果)。
Q: RPA扩增可以兼容哪些形式的样本?
A: 样本耐受性广泛,在某些情况下可以直接处理未经核酸纯化处理的复杂样品,比如血液、鼻拭子或培养基等。未经核酸纯化的血液或鼻拭子,只需要通过热或碱进行预处理促进核酸释放即可。(对样本的提取质量要求低于LAMP/RT-LAMP)。
Q: 琼脂糖凝胶电泳检测RPA的产物,为什么有时会检测不出来/有时条带歪歪扭扭?
A: 由于反应体系中含有较多的蛋白酶及大分子物质,可能会产生现象。可采取以下方法:使用试剂盒自带的6x DNA Loading Buffer(已添加蛋白酶K) ,按照每10 μL产物1.5 μL 6x DNA Loading Buffer 进行添加,吹打混匀后,56℃孵育 5 min,然后进行琼脂糖凝胶跑胶。方法二: 纯化扩增产物,取纯化试剂(Tris-苯酚: 仿:异醇 =25:24:1 震荡混匀后取下层液相) 与扩增产物等体积混合后震荡混匀,高速离心后的上层液体即为纯化的扩增产物,进行琼脂糖凝胶跑胶。
Q: 实验得到假阳性结果,是什么原因?
A: 测试的同一区域移液高拷贝(10^6 copies/μL或更高)的模板,则可能会发生污染;样本制备区/试剂准备区/加样区/反应区等尽可能做到分区;
每次试验前后或者步骤之间对空气和工作区以及移液器,要用核酸清除剂或10%漂白剂消毒清除气溶胶污染。