Q:12601可以用来纯化DNA吗?
A:可以纯化150bp以上的DNA片段,如果纯化的DNA中含有较多的150bp以下的建议用货号12600的产品,可以纯化50bp以上的DNA。
Q:12601可以分选1Kb或以上的DNA片段吗?
A:需要自行摸索体系,目前筛选的片段范围确定的体系为说明中的体系,其它片段分选的可以参考说明书中的分选体系调整。
Q: 不小心将磁珠放到-20℃,但未结冰,是否可以继续使用?
A:长时间冻住不建议使用,因为低温会破坏磁珠的结构,短时间冻融一次NGS文库分选和纯化性能影响不大,但实际以具体测试结果为准。
Q:磁珠未开封的时候 4℃保存,开封后一直室温保存使用,是否会影响磁珠的回收性能?
A:室温放置对磁珠的回收性能会有一定影响,不建议室温放置太久,使用完后建议 4℃ 保存。PEG 分离效果易受 pH、温度等影响。
Q:磁珠纯化原理
A:DNA 分选纯化磁珠是基于一种固相载体可逆化固定(SPRI)的技术,磁珠buffer中一般包含:磁珠、DNA、PEG、盐离子(主要是 Na+)等。DNA分子在PEG和NaCl作用下,会脱水缩合导致DNA构象改变并发生聚集沉淀,带负电荷的,当使用无酶水或TE等低盐和低PEG含量的缓冲液时可以洗脱结合的DNA分子。
Q:磁珠分选的原理
A:不同PEG和盐离子浓度下,不同长度DNA的构象不同,且长片段DNA带有更多负电荷,因此磁珠一般会优先吸附大片段DNA。分选一般需要加两轮磁珠,第一轮磁珠结合分子量较大的DNA,通过丢弃磁珠去除这部分产物,此时目的大小DNA在上清中;第二轮磁珠结合剩余产物中分子量较大的DNA,通过丢弃上清去除分子量较小的DNA,此时目的大小DNA在磁珠上,通过两轮磁珠达到分选的目的。
Q:12601可以纯化或回收150bp以下的片段吗?
A:不建议使用12601,建议使用12600,最低可回收100bp左右的片段,50bp以上的回收率可能会有影响。
Q:是否可以纯化单链DNA,该使用多少磁珠?
A:磁珠可以吸附双链DNA和单链DNA,但不能区分单链或双链DNA。磁珠纯化单链DNA的倍数可以参考双链的说明书。
Q:是否是选择性吸附DNA,可以去除样本中的RNA吗?
A:12601ES是非特异性吸附磁珠,也会吸附RNA,如果要去除RNA,需要用RNase A处理。
Q:可以用于RNA纯化和分选吗?
不建议使用,虽然磁珠也可以吸附RNA片段,但磁珠Buffer是根据DNA特性设计的,不利于RNA结构的稳定,RNA纯化建议使用RNA纯化磁珠(货号12602ES)。
Q:磁珠回收率低可能的原因是什么?
A:1)磁珠与DNA 混匀不充分,未能充分吸附。建议反应体系充分混匀;
2)磁珠比例不对,建议按照说明书进行选择合适的比例;
3)孵育时间不足,保证孵育时间至少 5 min;
4)磁珠分选时,二轮磁珠吸附的时候吸到磁珠。可在 200μL枪头前串联 10μL枪头用于移液,可防止吸到磁珠;
5)磁珠洗涤时的乙醇非现配,导致乙醇浓度过低,建议乙醇浓度不低于 70%,小片段不低于80%;
6)干燥过度:磁珠长时间干燥导致表面龟裂,DNA 难以洗脱,得率降低;建议干燥时间不宜过长,表面刚出现龟裂即可;
7)洗脱液体积不足:最终洗脱液应完全覆盖管内磁珠。
8)样本原因:样本纯度低,有杂质,样本中含有较多杂质时,可能会导致磁珠聚团板结,导致洗脱不充分,可以用枪头尽量吹散磁珠,延长洗脱时间,增加产物回收率;样本中含有较多大片段,大片段会导致磁珠聚团,洗脱时可以延长时间,必要时可以37度孵育,提升得率。