细胞直接投入建库,无需核酸提取步骤,操作简单,兼容单B建库或者分子药筛建库。
Hieff NGS® Single Cell/Low Input cDNA Synthesis & Amplification Module可以对1~1000个细胞或者10 pg~10 ng的总RNA进行全长cDNA的合成。本模块是以Oligo (dT) Primer为引物,利用逆转录酶的末端转移酶活性即Template-switching活性在cDNA的3’端添加接头序列,PCR扩增以这个接头序列进行全长cDNA的合成,完成全长cDNA的富集。获得的全长cDNA扩增产物可以衔接Hieff NGS® Fast Tagment DNA Library Prep Kit for Illumina® (for 1 ng)(Cat.#13468)建库试剂盒,进行基因表达差异、可变剪接、融合基因等遗传调控信息分析。Hieff NGS® Single Cell/Low Input cDNA Synthesis & Amplification Module可以添加5 μL以内的样本体积。一般情况下,一个反应可以获得2- 20 ng的cDNA扩增产物。
- 样本投入量范围广:适用1-1000个细胞投入量或者10 pg-10 ng total RNA建库。
- 细胞投入建库,操作简单:直接投入细胞建库,无需核酸提取步骤。
- 兼容96孔板/384孔板细胞样本:样本可通过显微切割获取或者直接孔板细胞培养获取。
- 逆转录后,一链cDNA为DNA/RNA杂合链。
- 承接后续各品牌转座酶建库或者片段化酶的酶切法建库。
1. cDNA扩增产物检测
使用2100Agilent 2100 Bioanalyzer的High Sensitivity DNA Chip检测取1ul纯化后的cDNA扩增产物,1个293 T 细胞和10pg的293 Total RNA,同时扩增18个循环后,峰图分析如图,NTC是无模板阴性对照。
图 cDNA扩增产物检测
2. 测序数据分析
不同投入量的cDNA扩增后衔接Hieff NGS® Fast Tagment DNA Library Prep Kit for Illumina® (for 1 ng)(Cat.#13468)建库试剂盒测序数据分析如表分析:
表 不同投入量Total RNA的测序数据分析
-25 ~ -15°C保存。
Q:适用的细胞起始量和 RNA 投入量范围是多少?
A:1~1000 个细胞或者 10 pg~10 ng 的总RNA
Q:配的细胞裂解液,用完直接放-20℃,可以重复用吗?
A:不建议重复使用,最好现用现配。
Q:后续建库推荐搭配哪个建库试剂盒?
A:可搭配13468构建完整的单细胞转录组文库。